In der letzten Kino+ folge haben Daniel und Etienne darum gebeten ihnen kleine Kinos zu nennen. Das kann man jetzt hier tun 
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77716 Haslach im Kinzigtal - Rio-Scala
78098 Triberg - Kronenlichtspiele
Hier stand mal was zu einem Kino.
Empfehlung aus Dresden: http://www.schauburg-dresden.de/
Keine Ahnung, ob sie letztens nur kleine Kinos angesprochen hatten oder auch eben besondere Kinos. Ich hatte nur mal in einem anderen Forum wahrgenommen, aber im Filmmuseum in Düsseldorf gibt es auch ein Kino mit dem Namen Black Box:
Programm und regelmäßige Termine
Denke so für Liebhaber von Programmkino, Kunstfilme und mehr ist so ein Kino in der Umgebung wohl ein Traum. 
Edit: Wird es bestimm aber so in der Art auch noch in anderen Städten mit einem Filmmuseum geben? Zumindest in Frankfurt gab es doch auch das deutsche Filmmuseum.
Die Kurbel - Karlsruhe: kurbel-karlsruhe.de
Kaiserpassage 6
76133 Karlsruhe
Schauburg - Karlsruhe: http://www.schauburg.de/
Marienstraße 16
76137 Karlsruhe
EDIT: Auf Schröcks Wunsch in Kino+ Adressen ergänzt 
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LichtBlick Filmtheater
Süderstraße 24
25746 Heide
Deutsches Haus
Süderstraße 14
25704 Meldorf
Ich mache dann gern mal Werbung in eigener Sache. Ich arbeite beim Casino in Aschaffenburg. Wir haben auch vor Kurzem den Preis als bestes Kino in Bayern gewonnen 
www.casino-aschaffenburg.de
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In Freiburg (im Breisgau) gibt es sogar 3 Stück: Friedrichsbau, Harmonie und Kandelhof! Alle sehr toll.
http://www.friedrichsbau-kino.de
Friedrichsbau und Apollo Kinos
Kaiser-Joseph-Str. 268 - 270
D - 79098 Freiburg
Harmonie Kino
Grünwälderstr. 16 - 18
D - 79098 Freiburg
Kandelhof Kino
Kandelstraße /Ecke Rennweg
79106 Freiburg
Das Kino, in dessem Programm seit vielen Jahren die Rocky Horror Picture Show läuft.
Direkt am Deutschen Museum in München.
Gar nicht so kleines Kino aber ohne Kette:
Ist auch kein Programmkino sondern ein ganz normales mit 5 Räumen, vielen hundert Sitzplätzen und einem großen Einzugsgebiet durch die vielen kleinen Orte im Umland
Kleines inhabergeführtes uriges Kino in dem aber Filme des aktuellen Kino-Programms ausgestrahlt werden
http://www.bergedorf-kino.de
Alte Holstenstrasse 15
21031 Hamburg - Bergedorf
Kleines inhabergeführtes Kino in dem Filme abseits des Mainstreams gezeigt werden
Steeler Str. 208-212
45138 Essen
Flächenmäßig nicht klein, aber auch inhabergeführt und ein Kino mit Geschichte
Kettwiger Str. 36
45127 Essen
D-18057
Rostock
Das LiWu:
Kleines, feines Programmkino. Gibt einen Regelpreis von 6€ pro Vorstellung oder man kauft gleich ne abo-karte mit 8 Vorstellungen für 40€. Momentan wird unter anderem gerade A War gezeigt(schröck empfiehlt ihn im gerade zurückliegenden kino+)…aber auch ein alter Defa-klassiker steht diese Woche im Programm: Die Spur der Steine mit Mannfred Krug, für interessierte sogar mit Einführung und Diskussion.
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Hier in Halle gibt es folgende kleine Schmuckstücke:
http://www.luchskino.de - ein Kino direkt am Zoo, welches in der Vergangenheit schon einige Deutschlandpremieren (z.B. Soul Kitchen) an Land holen konnte.
http://www.puschkino.de - gemütliches Kino innerhalb eines ehemaligen Theatergebäudes. Hier zapft der Chef selbst das Bier, welches man mit ins Kino nehmen kann.
http://www.kino-zazie.de - von außen nur eine kleine Bar, aber innen ein Kino mit geschmackvollem Ambiente (sowohl die Bar als auch der Kinosaal)
schauburg karlsruhe ist das beste Kino in dem ich je war.
Echt noch ein klassisches Kino und durch die gebogene Leinwand und die größe einfach genial.
auch zeigen sie ja oft alte Klassiker und oft sogar 70mm filme
Jetzt wollt ich auch gerade Karlsruhe Kinos posten. Du bist doof!
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Ich kenne noch das Thalia
Thalia - Cinema, Coffee and Cigarettes
Görlitzer Str. 6, 01099 Dresden
http://thalia-dresden.de/
Dort gibt es nur einen “Saal”, aber wenn irgendein Film sonst nirgendwo läuft, dann kann man ihn meist dort sehen. Sie haben beispielsweise als einziges Kino in Dresden Whiplash gezeigt.
Kannt ich noch nicht! Werd ich mir mal ansehen! 
Das ist direkt um die Ecke von der Schauburg (2-3 Straßern weiter) 