I am here to help, tatsächlich lassen sich einige fragen im spiel direkt beantworten, für andere wiederum muss man den vorgänger gespielt werden.
Ich werde also zuerst mal die Frage beantworten bei der man das Spiel Nier gespielt haben muss (den vorgänger) spoiler auf eigene gefahr ich spoilere auch das ende des spiels was einen wichtigen twist hat wer also potenziel das noch spielen will nicht lesen.
Frage: Wie die menschen ausgelöscht wurden
Nier
Als die Aliens die erde infiltrierten waren die menschen tatsächlich schon ausgelöscht, das ganze passiert im Spiel Nier. Am ende eines anderen yoko taro spiels, drakengard, stürzt in einem ende der held samt drachen im modernen tokyo ab udn wird dort auch sofort getötet von kampfjets des JSDFs. Dadurch entsteht allerdings eine krankheit die die menscheit langsam dahinrafft. Um das überleben der menschheit zu sichern wird das Projekt GESTALT (daher auch der titel: Nier: Gestalt im Eu raum) ins leben gerufen. dabei wird körper und seele getrennt und es gibt die gestalts und die replikanten. Das ganze wird in mehrern städten getestet ob das auch klappt, als überwacher des projektes dienen die einheiten devola und popola. Jede stadt in der das projekt durchgeführt wird hat eigene devolas udn popolas. In einer stadt nun geht das ganze schief den die replikanten (die reinen körper) entwickeln einen eigenen willen und am ende tötet der replikant seine gestalt (der twist ist, das im spiel man den replikanten spielt und glaubt man sei das original obwohl man die kopie ist) und die einheiten devola und popola haben hier eben versagt das ganze zu verhindern, was genau passiert ist musst du das spiel spielen, effektiv ist das aber der grund dafür das die beiden so gehasst werden weil eben dieses 1 Paar versagt hat. Das ist die geschichte im groben, habe nier selber nie gespielt aber so ca kenn ich sie. Man findet im übrigen im Spiel Nier:Automata diverse aufzeichnungen von Projekt gestalt dort erfährt man ein bischen mehr.
2B und 9S
2B ist ja eigentlich eine E einheit zur eliminierung. Wie du richtig festgestellt hast, findet 9S immer irgendwie heraus das die menschheit gar nicht mehr lebt, 2Es auftrag ist es ihn dann immer zu töten, diesen kreislauf gibt es unabhängig von den geschehnissen im spiel, deswegen versucht 2B auch so kalt zu 9S zu sein, das erklärt auch ihre worte in ending A: Why does it always end like this. Das ganze hat etwas mehr tiefgang wenn du die side mission amnesia gemacht hast, dann sieht man nämlich was mit den E einheiten so passieren kann
A2
A2’s backstory ist an sich ein theaterstück das yoko taro irgendwann mal geschrieben hat, (und 2 oder 3 mal in japan aufgeführt wurde) allerdings findest du diese information auch im spiel nämlich wenn du in Route C an einer gewissen stelle mit anemone redest erzählt sie dir das sie die alten kampfdaten gespeichert hat, da kannste das ganze durchlesen. In Short geht die geschichte ungefähr so: A2 ist mit anderen modellen in den krieg geschickt worden, was sie nicht wussten ist das nie geplannt war das A2 oder ihre mitstreiter überleben sondern sie sollten sterben da sie nur dazu da waren kampfdaten für die nachfolgermodelle zu sammeln. In der geschichte spielt sich das ganze dann so ab das A2 samt team irgendwann überrannt wird und keine unterstützung von command erhält. A2 ist hier die einzig überlebende zusammen mit anemone. Deswegen hasst A2 Command und sagt auch: Command betrayed us first (oder so ähnlich) wenn man sie das erste mal trifft. Das die menschen tod sind weiß sie glaube ich nicht spielt für sie aber auch keine rolle mehr es geht mehr um den verrat des nicht helfens/suicide mission
Why fight?
Die Maschinen sind dafür verantwortlich bzw. das von den maschinen entwickelte bewusstsein dargestellt in form des rothaarigen mädchens das man im tower „trifft“. maschinen können sich nicht von selbst weiterentwickeln und brauchen daher die androiden und den ewigen kreislauf um sich ständig weiterzuentwickeln den das ist ihr antrieb.Funktioniert aber nur mit einem feindbild eben den androiden. Androiden stammen ja auch irgendwie von den maschinen ab den der maschinenkern wird modifiziert und dann für die androiden verwendet. Folgendes is nur spekulation: aber man sieht in ende c oder d ja das raketen in den himmel fliegen oder irwas, das könnte z.b. die neue station der androiden sein von der aus sie dann erneut auf der erde gegen die androiden kämpfen ist aber nur ein gedanke!
Wie geht es weiter?
keine ahnung tbh ich brauche kein Nier 3 oder Nier automata 2 für mich ist die story hier zuende erzählt immerhin schließen wir hier sogar in ende E auf einer high note ab, was für yoko taro ein erstes mal ist 
Wegen mir darf der gerne was anderes machen, wer sich mal yoko taros wahnsinn geben möchte sollte mal Nier oder Drakengard 3 spielen, oder ein lets play angucken, v.a. bei drakengard 3 kann ich das lets play von T23 (Time to drei) empfehlen da sie dort mit einem fertigen spielstand eine 2. runde drehen und daher die kämpfe eher kurz bleiben, Nier hab ich selber noch vor zu zocken
Hoffe geholfen zu haben bei fragen einfach raushauen
P.S. es gibt noch wesentlich mehr überschneidungen zwischen Nier und Nier automata, so bassiert z.b. A2s persönlihckeit auf kaine und Emil ist ein charakter aus nier usw.
(ich hab zwar zweimal so durchgespielt, aber doubletap auf WASD zum Ausweichen ist der Horror)
